Den Pfalzgrafen Johann Casimir brachte er auf seine Seite, indem er ihm das gesamte Erzstift verpfändete. Doch 1584 fiel Bonn, und Gebhard, von seinen Verbündeten nur ungenügend unterstützt, verlor auch seinen restlichen Rückhalt im Niederstift und in Westfalen, so daß er sich nach Straßburg zurückziehen mußte. Dort starb er 1601 als protestantischer Domherr. Der "Kölnische Krieg" allerdings ging weiter. Die ehemaligen Anhänger Gebhards, Martin Schenk von Niedeggen und Graf Adolf von Neuenahr, brachen im Dienste der niederländischen Generalstaaten im Niederstift ein, woraufhin Ernst von Wittelsbach spanische Truppen zu Hilfe rief. Der weitere Verlauf des Krieges war, sehr zum Schaden der Städte, wechselvoll. So wurde die Stadt Neuss 1585 von Graf Adolf von Neuenahr erobert und im Jahre 1586 vom spanischen Statthalter der Niederlande, Herzog Alexander Farnese, für den Erzbischof Ernst zurückgewonnen. Der "Kölnische Krieg" ging schließlich in den Spanisch-Niederländischen Krieg über.
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