Daraufhin wurde er am 1. Februar 1583 vom kölnischen Landtag der Verletzung der "Goldenen Bulle" und anderer Verträge für schuldig erklärt. Er reagierte, indem er seine langjärige Geliebte, die protestantische Gerresheimer Stiftsdame Agnes von Mansfeld, heiratete. Am 1. April 1583 exkommunizierte ihn der Papst. Der "Kölnische Krieg" brach aus.
Als Nachfolger Gebhards wurde sein alter Widersacher Ernst von Wittelsbach zum Kölner Erzbischof gewählt. Gebhard, der sich in das kölnische Herzogtum Westfalen zurückgezogen und dort die Reformation einzuführen versucht hatte, leistete ihm bewaffneten Widerstand. Die Städte Bonn und Godesberg standen auf seiner Seite, Köln verhielt sich neutral.
